2024 Tophat2使用

Tophat2使用

Author: gkap

August undefined, 2024

Web26. dec 2024 · 1.序列比对序列比对用到tophat2软件，使用tophat软件的优点在于tophat2在将待测序列与参考基因组比对后，会直接生成bam文件，生成的bam文件直接可以 … Web18. mar 2024 · 6、使用 tophat2 将过滤掉 rRNA 的 reads 比对到 ref（参考）基因组上（如果mRNA直接比对到人的DNA上，可能会出现问题，有可能跨越了一个内含子，tophat2考 …

TopHat - Johns Hopkins University

Web9. jún 2015 · bowtie2index是一个文件夹，用来存放索引文件，方便日后查看和使用；注意：程序运行完后genome.fa文件要放在bowtie2index索引目录中，tophat2软件才能正确运行。 4、reads mapping到参考基因组——tophat2软件：基于bowtie2 WebTophat简介. Tophat 使用RNA-seq的reads数据来寻找基因的剪切点 (splice junction）。. 该软件调用Bowtie,或Bowtie2来将reads比对到参考基因组上，分析比对结果，从而寻找出外 … portable stove butane canister

TopHat的安装与使用 Public Library of Bioinformatics

Webwget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.0.13.Linux_x86_64.tar.gz. 我这里简单下载二进制版本的，直接解压即可使用，里面除了tophat之外，还有好几个小工 … Web4. nov 2015 · 使用方法为： $ tophat -R tophat_out -z --zpacker default:gzip 用来对临时文件进行压缩的的压缩程序 4. Bowtie2的特别参数使用tophat2的时候，其中的一些参数传递为bowtie2的参数，这些参数都以’b2′开头。其实，这些参数使用默认的即可。 WebTophat安装直接下载适合于Linux x86_64的二进制文件，解压缩即可使用。 $ wget http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/tophat-2.0.8b.Linux_x86_64.tar.gz $ tar zxf tophat … portable storage units raleigh nc

tophat2+cufflinks进行转录组的比对分析 - 腾讯云开发者社区-腾讯云

TopHat/Cufflinks/CummeRbund使用介绍 - Yulong Niu - GitHub …

Web24. sep 2015 · TopHat2 的安装安装 TopHat2 下载最新预编译版本 $ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 解压 $ tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 加入 PATH 即可 $ export PATH= /home/maque/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH 测试 $ tophat2 应该就看到各种信息，包括版本，基本用法 … Web13. aug 2024 · TopHat2. 工具介绍. Tophat2 使用 RNA-seq 的 reads 数据来寻找基因的剪切点 (splice junction ）。该软件调用 Bowtie/ Bowtie2, 将 reads 比对到参考基因组上，寻找出外 … portable stove top canadian tireWeb8. aug 2024 · 在安装tophat2安装简单但会碰到的问题 tophat2安装 wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 解压 tar … irs credit card shut down

"Web28. máj 2024 · 索引目录 3 reads mapping到参考基因组——tophat2软件：基于bowtie2 (tophat安装见软件安装）命令：tophat2 -p 12 -o AER314-4_output /home/test04/lyr/rna-seq/02align_out/AER314-4_scaffold.fa /home/test04/lyr/rna-seq/01data/YSH-qurRNA-42-314-4_L001_R1.fastq /home/test04/lyr/rna-seq/01data/YSH-qurRNA-42-314 … " - Tophat2使用

Tophat2使用

使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 处理RNA-SEQ数据 - cenkai - 博客园

Web找到tophat文件，并使用 vi tophat 命令进入编辑器，按i进入编辑模式，使用键盘上下左右键定位到第一行，将第一行的 #!/usr/bin/env python 替换成刚刚创建的python2环境的路径，比如我的是 /home/twocanis/miniconda3/envs/python27 ，按Esc后 :wq 保存退出此时运行tophat2 成功~ 另外一些小问题：如果按照上述装完在最后一步出现可以先配置完环境后 … Web1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok，suse上编译装的，中间包依赖有问题，可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok，suse上执行的时候报找不到samtools，但是 …

Did you know?

Web24. sep 2024 · Tophat2的原作者们也不知道是出于什么考虑，不再更新Tophat2，转而开发了一个新的比对工具HISAT2，更是推荐人们使用HISAT2，声称其速度更快，内存占用率 … Web13. aug 2024 · Tophat2使用RNA-seq的reads数据来寻找基因的剪切点(splice junction）。该软件调用 Bowtie/ Bowtie2,将reads比对到参考基因组上，寻找出外显子之间的结合位点。 TopHat2分析步骤： TopHat2在国家微生物科学数据中心的运行展示示例：官网：www.nmdc.cn 地址：北京市朝阳区北辰西路一号院3号中国科学院微生物研究所邮 …

Web8. máj 2024 · 第一步其实就是利用tophat将reads比对到参考基因组上，只不过对于融合基因的reads而言，其比对方式比较特殊，需要添加额外的参数，具体代码如下

WebTopHat was designed to work with reads produced by the Illumina Genome Analyzer, although users have been successful in using TopHat with reads from other technologies. In TopHat 1.1.0, we began supporting Applied Biosystems' Colorspace format. The software is optimized for reads 75bp or longer. Web20. feb 2024 · TopHat2是一个多步骤比对的程序，如果基因组的注释文件存在的话，那么它会先将Read比对到转录组上。这就大大提高了比对的准确性，还可以避免序列匹配到假 …

http://www.bio-info-trainee.com/156.html

WebNote: –num-fusion-reads* , 支持融合的最少 reads 数目 –num-fusion-pairs, 支持融合事件的最少配对 reads 数，表示为跨越融合点的测序片段 –num-fusion-both, 支持融合的最少 … portable storage sheds interiorWeb27. dec 2024 · TopHat2 是一个多步骤比对的程序，如果基因组的注释文件存在的话，那么它会先将Read比对到转录组上。这就大大提高... 使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 处理RNA-SEQ数据 weixin_30480651的博客 480 未经本人授权禁止转载。 1 安装 bowtie2 ubuntu上用bin装ok，suse上编译装的，中间包依赖有问题，可用zypper 安装所需包 2 … portable stove click 2 cooktmWeb26. jún 2014 · TopHat2运行后查看align_summary.txt获得比对结果。 TopHat2会输出accepted_hits.bam（接受map的reads文件）和unmapped.bam（没有map上的reads文件）。对于后者，使用基因组浏览器，如IGV或者UCSC Genome Browser大致看下是有无map，之后可以直接丢弃。 irs credit card statementWeb26. dec 2024 · 1.序列比对序列比对用到tophat2软件，使用tophat软件的优点在于tophat2在将待测序列与参考基因组比对后，会直接生成bam文件，生成的bam文件直接可以给cufflinks构建转录本，从而避免了使用其他软件时生成的sam文件要转化成bam文件才能作为cufflinks的输入文件代码如下 tophat -p 20 -o tophat_out … portable stove good for hikingWeb25. okt 2024 · 安装tophat2时遇到的问题. tophat作为当前流行的序列比对软件，为转录组分析提供了很多便利之处本人原来下了并且安装了tophat2，但是觉得自己的虚拟机硬盘不 … irs credit card rewards businessWeb14. jan 2024 · 相对速度快并且占用内存小的TopHat在RNA-Seq中常常用于跨内含子比对，这里我们来关注一下TopHat2，TopHat2的安装是依赖Bowtie2的 (当然Bowtie1也是可行 … irs credit checkWeb19. aug 2024 · 本文使用的是鉴定lncRNA的流程是使用Tophat和cufflinks.使用Tophat2将得到的测序序列mapping到番茄基因组（ITAG 2.4）中，然后使用cufflinks进行注释。其次进行蛋白质编码能力的预测，以及使用CPC的预测。 Results A total of 134 high-throughput sequencing data sets derived from more than 10 different organs were used to identify … irs credit card reward charity